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| 1 | 硝基苯衍生物对发光菌抑制毒性的CoMFA模型显示文摘文中研究了19种硝基苯衍生物对发光菌抑制活性(pB)的三维-定量构效关系(3D-QSAR).基于比较分子力场分析(CoMFA)建立训练集的3D-QSAR模型,具有高相关系数值(R2=0.911)和交叉验证系数值(Q2=0.382),不仅表现出显著的统计质量,还表现出令人满意的预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为32.2%、67.8%.基于CoMFA等高线图,可以看出影响硝基苯衍生物抑制活性的一些关键结构因素.这些结果为理解硝基苯衍生物对发光菌的作用机理提供了有用的理论参考. | 冯长君 | 2020 | 徐州工程学院学报(自然科学版)2020，35，1： | 21 |
| 2 | 3D-QSAR Models of Anti-tumor Activity for Histone Deacetylase Inhibitors Containing Dihydropyridin-2-one显示文摘A 3D-QSAR study was conducted to analyze the anti-tumor activity(pHs,s=1,6)of dihydropyridin-2-one containing histone deacetylase inhibitor(DHDACi)to histone deacetylase(HDACs,s=1,6)by the comparative molecular field analysis(CoMFA)method.The predicting model was established based on the training set of 22 compounds,which was verified by the test set of 6 compounds containing template molecule.The results showed that the contributions of steric and electrostatic fields to pH1 are 37.6%and 62.4%,and those to pH6 are 44.6%and 55.4%,respectively.The coefficients of the cross-validation(Rcv2)and the non cross-validation(R2)are 0.574 and 0.947 for pH1,and 0.488 and 0.884 for pH6,respectively.The models were then used to predict the activities of the compounds for the training and testing sets.The results indicated that the models had strong stability and good predictability.Based on the 3D contour maps,several new potential inhibitors with higher anti-tumor activity were designed.However,the effectiveness of these potential inhibitors is still needed to be verified by the experimental results. | 冯惠 堵锡华 陈艳 冯长君 | 2020 | Chinese Journal of Structural Chemistry2020，39，5： | 10 |
| 3 | 取代苯酚类化合物抑藻活性的Co MFA模型显示文摘基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立20种取代苯酚类化合物抑藻活性(p I)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中16个化合物用于建立预测模型,测试集5个化合物(含模板分子)作为模型验证。已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Q 2)、非交叉验证系数(R 2)分别为0.915、0.963,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为48.4%、51.6%,表明影响抑藻活性(p I)的主要因素是取代基的电荷分布,其次是取代基的疏水性和空间位阻。 | 唐自强 冯长君 | 2019 | 生态毒理学报2019，14，4： | 5 |
| 4 | Study on the Biological Activity of 3-Aroyl-5-substituted Thiophene Derivatives Based on the CoMFA Method显示文摘A three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3 D-QSAR) study was conducted to analyze the A1 AR density(Bmax) of 56 3-aroyl-5-substituted thiophene derivatives(ASTDs) in human A1 Chinese hamster ovary(hA1 CHO) membranes by the comparative molecular field analysis(CoMFA) method. A training set of 45 compounds was used to establish the predictive model, which was verified by the test set of 17 compounds containing template molecule and 5 newly designed molecules. The cross-validation(R2 cv) and non-cross-validation(R2) coefficients of the training set were 0.655 and 0.959, respectively. The model was used to predict the activities of the compounds of the training and test sets, and the results indicated that the models had strong stability and good prediction ability. According to model analysis, the contribution of steric and electrostatic fields was 51.4% and 48.6%, respectively. Based on the 3 D contour maps, five excellent ASTDs agonists were designed, which need to be further verified by biomedical experiments. | FENG Hui FENG Chang-Jun CAO Jing-Pei | 2020 | Chinese Journal of Structural Chemistry2020，39，11： | 3 |
| 5 | 多氯联苯生物降解速率常数的QSAR模型显示文摘基于Kier的价连接性指数(^(m)X_(t)^(v))表征66个多氯联苯的分子结构,并与其生物降解速率常数(lnK)关联。通过最佳变量子集回归方法建立上述化合物lnK的二参数(^(3)X_(p)^(v)、^(5)X_(p)^(v))的QSAR模型。其传统相关系数(R^(2))和交叉验证相关系数(R_(cv)^(2))依次为0.803和0.784。通过R^(2)、R_(cv)^(2)和V_(IF)等检验,该模型具有令人满意的相关性、稳健性和预测能力。结果显示影响多氯联苯生物降解速率常数(lnK)的主要因素是分子内所含氯原子的数目(d)及其所处位置。将^(3)X_(p)^(v)、^(5)X_(p)^(v)作为人工神经网络的输入层结点,采用2∶12∶1的网络结构,利用BP算法获得了一个令人满意的lnK模型,其R^(2)和标准偏差S_(D)分别为0.982和0.227,表明lnK与^(3)X_(p)^(v)、^(5)X_(p)^(v)呈现优异的非线性关系。 | 杨杰元 杨雪颖 杨沛艳 冯惠 冯长君 | 2022 | 化学研究与应用2022，34，5： | 2 |
| 6 | 硝基芳烃对梨形四膜虫急性毒性的CoMFA模型显示文摘研究45种硝基芳烃对梨形四膜虫急性毒性的半数生长抑制浓度负对数值(pIC 50)的三维-定量构效关系(3D-QSAR)。基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立训练集的3D-QSAR模型,其判定系数(R 2)为0.932,交叉验证系数(Q 2)为0.738,表明模型具有良好的相关性、稳定性和预测能力。该模型的立体场和静电场对pIC 50值的贡献率依次为39.0%和61.0%。基于CoMFA等势图,揭示了2,3位上键合负电基团是影响硝基芳烃对梨形四膜虫急性毒性的主要因素。 | 唐自强 冯长君 | 2020 | 生态毒理学报2020，15，5： | 2 |
| 7 | 多氯联苯生物富集因子的CoMFA模型显示文摘文章基于比较分子力场分析(CoMFA),研究了31种多氯联苯在鱼体内生物富集因子(lg BCF)的三维-定量构效关系(3D-QSAR)。根据配体的原子契合叠合,获得具有统计显著性的训练集(含26个化合物) CoMFA模型。此3D-QSAR模型的主成分数为4,交叉验证系数Q2值为0.595,非交叉验证系数R2值为0.901,F检验值为47.551。不仅表现出显著的统计质量,而且还表现出令人满意的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为45.1%、54.9%。基于CoMFA等高线图,多氯联苯的lg BCF主要取决于氯原子在苯环上的位置,其次才与氯原子数正相关。 | 冯惠 何红梅 陈艳 冯长君 | 2020 | 环境科学与技术2020，43，5： | 2 |
| 8 | 喹唑啉衍生物抗胃癌活性的CoMFA模型显示文摘基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立23种喹唑啉衍生物抗胃癌活性(pM_(G))的三维定量构效关系(3D-QSAR).训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物(含16号模板分子及2个新设计的分子)作为模型验证.建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Q^(2))、非交叉验证系数(R^(2))分别为0.312、0.854,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为62.6%、37.4%,表明影响抗胃癌活性(pM_(G))的主要因素是取代基的疏水性和空间位阻,其次是取代基的库仑力、氢键及配位.基于该研究结果,设计了2个具有较高抗胃癌活性的新化合物. | 冯长君 | 2022 | 徐州工程学院学报(自然科学版)2022，37，1： | 2 |
| 9 | 噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性的CoMFA模型与分子设计显示文摘基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立25种噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性(pM)的三维定量构效关系(3D-QSAR).训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物(含模板分子)作为模型验证.已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))、非交叉验证系数(R^(2))分别为0.369、0.831,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为40.9%、59.1%,表明影响抗胃癌活性(pM)的主要因素是取代基的库仑力、氢键及配位,其次是取代基的疏水性和空间位阻.基于此研究结果,设计了4个具有较高抗胃癌活性的新化合物,有待医学实验验证. | 唐自强 冯惠 冯长君 | 2021 | 原子与分子物理学报2021，38，3： | 2 |
| 10 | Molecular Modeling Studies of 4-Hydroxyamino α-Pyranone Carboxamide Analogues as Hepatitis C Virus Inhibitor Using 3D-QSAR and Molecular Docking显示文摘In this paper, 42 4-hydroxyamino α-pyranone carboxamide analogues as Hepatitis C Virus(HCV) inhibitor 3 D-QSAR model was built based on Topomer CoMFA. The non-cross-validation(r2), cross-validation(q2), correlation coefficient of external validation(Q ext2), non-cross validated standard error(SD), standard error of prediction(SDCV) and F are 0.909, 0.615, 0.967, 0.13, 0.28 and 37.287, respectively. The obtained Topomer CoMFA model has good estimation stability and prediction capability. Topomer Search was employed as a tool for virtual screening in lead-like compounds in the ZINC database. Then, 6 R1 groups and 4 R2 groups with higher contribution values were employed to alternately substitute for the R1 and R2 of the template compound 21 with the highest bioactivity. As a result, 22 new molecules with higher activity than that of the template molecule were designed successfully. The Topomer Search technology could be effectively applied to screen and design new 4-hydroxyamino α-pyranone carboxamide analogues. The molecular docking method was also used to study the interactions of these drugs by docking the ligands into HCV active site, which revealed the likely bioactive conformations. This study showed extensive interactions between the 4-hydroxyamino α-pyranone carboxamide analogues and the active sites of HCV(residues TYR466, GLN384, TYR383 and ASP335). The design of potent new inhibitors of HCV can get useful insights from these results. | 仝建波 吴鲁阳 雷珊 王天浩 马养民 | 2020 | Chinese Journal of Structural Chemistry2020，39，6： | 1 |
| 11 | QSAR and Docking Studies of Thiazolidine-4-carboxylic Acid Derivatives as Neuraminidase Inhibitors显示文摘In order to understand the chemical-biological interactions governing their activities toward neuraminidase(NA),QSAR models of 28 thiazolidine-4-carboxylic acid derivatives with inhibitory influenza A virus were developed.Here a quantitative structure activity relationship(QSAR)model was built by three-dimensional holographic atomic vector field(3D-HoVAIF)and multiple linear regression(MLR).The estimation stability and prediction ability of the model were strictly analyzed by both internal and external validations.The correlation coefficient(R2)of established MLR model was 0.984,and the cross-validated correlation coefficient(Q2)of MLR model was 0.947.Furthermore,the cross-validated correlation coefficient for the test set(Qext 2)was 0.967.The binding mode pattern of the compounds to the binding site of integrase enzyme was confirmed by docking studies.The results of present study indicated that this model can aid in designing more potent neuraminidase inhibitors. | 仝建波 王天浩 吴英纪 冯怡 | 2020 | Chinese Journal of Structural Chemistry2020，39，4： | 1 |
| 12 | 培氟沙星均三唑硫醚类化合物抗增殖活性的3D-QSAR研究与分子设计显示文摘基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立24种培氟沙星均三唑硫醚衍生物对人白血病细胞(HL60)抗增殖活性(pM)的三维定量构效关系(3D-QSAR).训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集10个化合物(含模板分子22及新设计的5个分子)作为模型验证.已建立的3D-QSAR模型的交叉验证系数(Rcv^2)、非交叉验证系数(R2)分别为0.436、0.903,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为71.8%、28.2%,表明影响抗增殖活性(pM)的主要因素是在苯环的3,4-位上引入小体积的负电性基团.基于三维等势图,设计了5个具有较高抗增殖活性的分子,有待医学实验验证. | 冯惠 王晓辉 王菊 冯长君 | 2021 | 云南大学学报(自然科学版)2021，43，1： | 1 |
| 13 | 基于CoMFA研究培氟沙星均三唑硫醚衍生物抗增殖活性与分子设计显示文摘基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立24种培氟沙星均三唑硫醚衍生物对小鼠白血病细胞(L1210)抗增殖活性(pIC)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集8个化合物(含模板分子22及新设计的3个分子)作为模型验证。已建立的3D-QSAR模型的交叉验证系数(Rcv2)、非交叉验证系数(R2)分别为0.659和0.926,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为72.8%及27.2%,表明影响抗增殖活性(pIC)的主要因素是在苯环的4-位上引入小体积的负电性基团。基于三维等势图,设计了3个具有较高抗增殖活性的分子,有待医学实验验证。 | 冯惠 秦正龙 李靖 冯长君 | 2020 | 湖南师范大学自然科学学报2020，43，6： | 1 |
| 14 | 基于拓扑指数研究多氯联苯生物降解速率常数显示文摘基于Kier的分子形状指数(J)和新提出的氯原子位置指数(D)表征66个多氯联苯的分子结构,并与其生物降解速率常数对数(lnK)关联。通过最佳变量子集回归方法建立多氯联苯lnK的三变量参数(DCl、^(2)J、^(3)J)的QSAR模型。其传统相关系数和交叉验证相关系数依次为0.854和0.837。通过“三性”原则检验,该模型具有令人满意的相关性、稳健性和预测能力。结果显示影响多氯联苯ln K的主要因素是分子内所含氯原子的数目及其所处位置。 | 杨杰元 杨雪颖 杨沛艳 冯惠 冯长君 | 2022 | 环境科学与技术2022，45，4： | 0 |
| 15 | 噻吩并吡啶并嘧啶衍生物抗鼻咽鳞癌活性的3D-QSAR研究与分子设计显示文摘运用比较分子力场分析(CoMFA)方法,建立25种噻吩并吡啶并嘧啶衍生物分子结构与抗鼻咽鳞癌活性(pM)的三维定量构效关系(3D-QSAR),以揭示影响pM的微观结构因素,探讨其体外抗肿瘤作用的分子机理。训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集含13号模板分子和新设计的3个分子共9个化合物,用于模型验证。所建CoMFA模型的交叉验证系数R2cv、非交叉验证系数R2分别为0.372、0.853。该模型中立体场、静电场贡献率依次为53.7%、46.3%,表明影响pM的主要因素是取代基的疏水性和空间位阻,其次是取代基的库仑力、氢键及配位。设计了3个具有较高抗鼻咽鳞癌活性的新化合物,有待医学实验验证。 | 秦正龙 杨伟华 冯长君 | 2021 | 南京理工大学学报2021，45，6： | 0 |
| 16 | 基于图论方法建立二取代吲哚酮类的拓扑数学模型显示文摘新型的二取代吲哚酮类衍生物对人转移胰腺癌细胞Hela有抑制作用,根据密度泛函理论(DFT),通过计算该类化合物的分子连接性指数、电性拓扑状态指数、分子电性距离矢量、分子形状指数,得到153个分子描述符,对它们进行多元逐步回归,得到四个最佳变量,其中R^2=0.908,采用遗传算法进行优化,建立3-3-1型神经网络,得到的训练集的关联度R^2=0.968 5,验证了参数间的非线性关系,影响该类化合物抑制率的主要因素为电性与拓扑环境,影响分子的二维结构的是-CH2-、=CH-、=C<等结构碎片。 | 万仲禹 盛广赏 | 2019 | 广州化学2019，44，5： | 0 |
| 17 | 取代嘧啶衍生物抗癌活性的CoMFA研究与分子设计显示文摘基于比较分子力场分析(CoMFA)方法研究21种取代嘧啶衍生物对乳腺癌抑制活性(S_M)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中18个化合物用于建立预测模型,测试集8个化合物(含17号模板分子和新设计4个分子)作为模型验证。所建CoMFA模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))、非交叉验证系数(R^(2))分别为0.525、0.974,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为69.9%、30.1%,表明影响抗乳腺癌活性(S_(M))的主要因素是取代基的疏水性和空间位阻,其次是取代基的库仑力、氢键及配位作用。基于此研究结果,设计了4个具有较高抗乳腺癌活性的新化合物。 | 冯惠 冯长君 | 2023 | 化学研究与应用2023，35，7： | 0 |
| 18 | 剑叶龙血素A衍生物对小鼠镇痛活性的QSAR模型显示文摘目的:为了建立15种剑叶龙血素A衍生物对小鼠的体外镇痛活性(lnAN)与电性距离矢量(Mk)的QSAR模型。方法:基于拓扑化学理论,电性距离矢量(M)被用于表征化学微环境。采用最佳变量子集回归方法,建立上述化合物对小鼠的体外镇痛活性(lnAN)与Mk的定量构效关系(QSAR)模型。结果:所建最佳二元QSAR模型的判定系数(R2)和逐一剔除法交叉验证相关系数(Rcv^(2))分别为0.846、0.725。经R^(2)、Rcv^(2)、V_(IF)、F_(IT)、A_(IC)、F等统计指标检验,该模型具有良好的稳健性及预测能力。结论:结果显示-CH_(3)、-HC<和-Cl等分子结构单元直接影响这些化合物的镇痛活性。据此提出剑叶龙血素A衍生物分子与生物受体之间的主要作用是疏水作用、氢键。 | 朱利兰 | 2021 | 广州体育学院学报2021，41，3： | 0 |
| 19 | 酚类化合物麻醉毒性的CoFMA研究显示文摘通过比较分子力场分析方法(CoMFA)建立酚类化合物对梨形四膜虫极性麻醉毒性(p T)的三维定量结构-活性相关(3D-QSAR)模型。基于训练集41个化合物建立了预测模型,10个化合物作为验证集(含模板分子)。训练集的CoMFA模型显示立体场、静电场对麻醉毒性贡献依次为53.9%和46.1%。其交叉验证相关系数(R_(cv)^(2))为0.735,非交叉验证相关系数(R^(2))为0.971。对训练集、测试集中的化合物麻醉毒性进行预测,显示出较强的稳定性和良好的预测能力。根据CoMFA模型的立体场和静电场三维等势线图可知,在羟基的间、对位上引入小体积基团,以及邻、对位有负电性基团,有利于提高酚类衍生物的麻醉毒性。基于此,设计了7种具有更高麻醉毒性的酚类化合物,有待生物医学实验验证。 | 冯惠 石春玲 李靖 周俊 冯长君 | 2021 | 生态毒理学报2021，16，3： | 0 |
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