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| 1 | 杂交水稻亲本分子身份证及SSR指纹数据库的建立显示文摘本研究利用GB/T20396-2006推荐的48对SSR核心标记,对133份杂交水稻亲本(包括部分常规品种)进行SSR分析,根据引物在133份材料中扩增的片段大小,构建了各品种的分子身份证和指纹图谱,该身份证由48位数字或数字与字母组合组成,代表了48对引物在该品种中的扩增情况。将品种的身份证信息与品种的形态学特征特性等信息相结合,构建了具查询功能的SSR指纹网络数据库。该SSR指纹数据库除具有品种基本信息查询、品种分子身份证查询、品种间相似率查询和身份证核对等基本功能外,还可指导杂交水稻品种真实性和纯度鉴定,分析亲本间遗传相似性,为杂交稻新组合的选育提供亲本选配的参考。该数据库的建立,不仅为检测单位和育种工作者提供了一个便利的网络数据交换和共享平台,也为品种的选育、试验、管理、评价、仲裁提供技术支撑和科学参考。 | 陆徐忠 从夕汉 刘海珍 倪金龙 马琳 李莉 倪大虎 杨剑波 | 2012 | 核农学报2012，26，6： | 29 |
| 2 | 123份水稻重要品种的SSR核心标记指纹分析显示文摘利用前期构建的SSR核心引物的指纹图谱为基础,从中选出123份具有代表性的水稻品种进行品种的特异性及稳定性分析,并据此判定新增核心标记的应用价值。聚类分析结果表明,24对引物共检测到138个等位基因,其中等位位点上只存在一个品种有12个,能特定区分粳稻和籼稻类群水稻品种的等位位点的有21个;按遗传相似系数为0.96的划分标准,所有的品种都具备特异性;以等位位点的纯合性为指标,117份品种具有稳定的遗传基础;在杂交种与其父母本的遗传位点匹配试验中,16份随机配组的杂交组合中含有1~3个不匹配的遗传位点,而且这些位点和6份品种的杂合位点一起,多集中于RM289、RM7492、RM6487和RM583等4个标记中,它们是品种遗传不稳定的分子基础。表明24对核心引物能较好的鉴别123份水稻品种,123份品种中含有可重复发生的不稳定遗传位点。 | 田大刚 林艳 刘华清 苏军 陈在杰 颜静宛 许彦 王锋 | 2013 | 分子植物育种2013，11，1： | 21 |
| 3 | 基于SSR标记的太湖稻区常规粳稻DNA指纹图谱构建及遗传相似性分析显示文摘【目的】构建太湖稻区粳稻(Oryza sativa L.Subsp.Japonica)DNA指纹图谱,分析粳稻品种间的遗传相似性,为其育种和种子纯度鉴定提供参考。【方法】以19份太湖地区优质常规粳稻品种为材料,利用分布于水稻12条染色体上的24对SSR引物构建其DNA指纹图谱,并分析其遗传相似性。【结果】24对引物在19份粳稻品种中共检测到99个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因1~7个,平均为4.1个。筛选获得能完全区分19份粳稻材料的4对核心引物(RM190、RM18、RM297、RM5414),其在19份粳稻中可扩增获得22个多态性片段;以RM190和RM18区分鉴别粳稻材料的能力最强,可以区别鉴定6个粳稻品种,RM297和RM5414仅能鉴别2个粳稻品种,RM297能鉴别常农粳5号和宁9103,RM5414能区分南粳47和常粳10-9。19份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.408~0.857,平均为0.605,遗传相似系数在0.500~0.700的材料占81.87%。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.550处,19份粳稻材料可聚为两大类群;在遗传相似系数0.620和0.570处,两大类群均可分为两个亚群。【结论】太湖地区常规粳稻品种遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,有待进一步加强引进和利用新的基因资源,创新水稻育种材料。 | 罗兵 孙海燕 杨志刚 沈宗根 汤俊 端木银熙 | 2015 | 南方农业学报2015，46，1： | 10 |
| 4 | 淮阴苜蓿SSR指纹图谱的构建显示文摘采用不同的取样策略,利用SSR分子标记研究淮阴苜蓿(Medicago sativa Huaiyin)遗传多样性,确定最佳取样数,在此基础上利用筛选的SSR引物构建淮阴苜蓿的指纹图谱,并对淮阴苜蓿进行品种鉴定。本研究对320株淮阴苜蓿的单株基因组DNA设置6个处理(10、20、30、40、50、60单株DNA随机等量混合),每处理8个重复,利用筛选的4对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明,40株单株随机DNA的混合样品的遗传多样性指数开始趋于稳定,由此取40株即可代表淮阴苜蓿群体。采用取样数为40株单株DNA混合样,利用筛选的3对SSR引物构建淮阴苜蓿指纹图谱,并对15份供试苜蓿材料进行检测,结果表明,该方法所构建淮阴苜蓿SSR指纹图谱可以用于对淮阴苜蓿品种的鉴定。 | 张栋 魏臻武 武自念 屠德鹏 李伟民 | 2012 | 草业科学2012，29，6： | 8 |
| 5 | 优良玉米杂交种金玉818指纹图谱构建及其纯度鉴定显示文摘为构建优良杂交玉米新品种金玉818的指纹图谱,筛选适用于该品种真实性和纯度鉴定的SSR引物,利用SSR分子标记技术构建指纹图谱,筛选引物对金玉818种子进行纯度鉴定,并对鉴定结果进行验证。结果表明:在40对标准SSR引物中筛选出25对多态性好、清晰稳定的引物构建金玉818指纹图谱,筛选出15对适用于该品种真实性和纯度鉴定的引物,其中最佳引物是bnlg16lk8、umc1125y3、umc1429y7、phi053k2、umc1147y4和bnlg2305k4;利用phi053k2、bnlg16lk8和umc1429y7鉴定金玉818种子的纯度分别为92.5%、92%和93.5%,引物间鉴定结果吻合度高,结果可靠。 | 兰琴英 陈泽辉 祝云芳 王安贵 郭向阳 胡兴 陈建军 | 2015 | 贵州农业科学2015，43，6： | 8 |
| 6 | 玉米杂交种新科891及其亲本SSR指纹图谱的构建显示文摘利用SSR分子标记技术,构建杂交种新科891及其亲本的指纹图谱。结果表明:从56对均匀分布在玉米10条染色体上的SSR引物中筛选出7对条带清晰、多态性及重复性好的引物,分别是:bnlg439w1、umc2007y4、umc2015k3、bnlg2291k4、umc1705w1、bnlg1702k1以及phi0801k15。这7对引物共检测出23个等位基因,每对引物可以检测到2~4个,平均3.29个。将这7对引物扩增的杂交种新科891及其亲本的条带数字化,计算出现与其相同数字指纹图谱的概率均为1.19×10-7,概率极低,所构建的指纹图谱是特有的,因此,用这7对引物鉴定杂交种新科891的真实性和纯度是可行的、结果是可信的。 | 张瑞平 周联东 王文洁 孙佩 王蕊 刘经纬 李和顺 王学军 | 2019 | 中国种业2019，，5： | 7 |
| 7 | 257份玉米自交系分子ID的构建显示文摘选取分布于玉米染色体10个连锁群上的100对SSR引物,筛选出64对多态性稳定的引物对257份玉米自交系进行检测,共检测出422个等位变异,每对引物检测到的等位变异数范围在3~9个,平均6.59个。根据引物的等位基因变异数,将电泳谱带的统计结果数字化,采用资源特征分析软件IDAnalysis1.0进行数据分析,结果表明,仅需10对引物(bnlg1154、bnlg1451、bnlg244、bnlg125、umc1127、umc1016、bnlg2291、umc2122、umc1545、bnlg197)就可构建一套供试自交系的分子ID,可以快速、有效地区分玉米自交系。 | 李伟忠 许崇香 安英辉 孙梅 闵丽 姜森 陈庆山 胡国华 | 2013 | 玉米科学2013，21，2： | 6 |
| 8 | 沃玉964玉米品种SSR指纹图谱的构建显示文摘以玉米品种沃玉964及其亲本为试验材料,进行了沃玉964玉米品种SSR指纹图谱的构建研究。结果表明,从72对玉米SSR引物中筛选出在沃玉964双亲间多态性好、重复性高的6对引物(分别为Phi090、umc2105、bnlg2305、umc1125、phi065和umc1506),可用于沃玉964的真实性检测,同时可为鉴定种子纯度提供参考。该方法准确可靠、实用性强,为生产上沃玉964真实性的快速、有效鉴定提供了科学依据。 | 周联东 柳继凤 孙佩 刘经纬 杨庆申 李悦有 | 2017 | 现代农业科技2017，，15： | 5 |
| 9 | 基于引物“随机组合”构建观赏桃SSR指纹图谱显示文摘近年来,我国观赏桃新品种日渐繁多、名称混乱、市场难以监管。同时用以区分品种的SSR指纹图谱的构建方法在研究界无统一的科学标准,尤其是构成最终引物组合的核心引物的确定。具体操作流程层出不穷、五花八门。为探索筛选SSR指纹图谱核心引物的科学方法,同时构建观赏桃SSR指纹图谱,该研究选用35对已报道的SSR引物对22份观赏桃种质进行试验。结果表明:通过PCR扩增与分析,多态性较高的8对引物——候选引物总共扩增出31个多态性条带,变幅为3~5个.PIC值变幅为0.458~0.668,MI值变幅为1.374~3.340。采用“随机组合”法对8对引物进行C18、C28、C38…依次分析,得到区分能力最强的3种不同的最少引物组合方式——候选组合,并能区分出18份种质.从中发现区分能力最强的3种引物组合方式并不都是由引物PIC值、alleles数量或MI值等多态性指标最高的引物组成,而是由互补性最强的引物组成。选用组合内各引物多态性条带总数最多的组合方式“4—3”(BPPCT001+BPPCT015a+BPPcT017+BPPcT025)为22份观赏桃种质构建了指纹图谱。基于此,通过常规多态性指标筛选候选引物可以确定出单对引物鉴别能力最强的少量引物;通过“随机组合”筛选候选组合可以进一步确定出引物之间互补性最强的几种组合方式;根据组合内各引物的多态性条带总数确定最终核心引物可以确定出可扩容性最大的引物组合。该研究最终建立了候选引物——候选组合——核心引物组合“三步法”确定SSR指纹图谱核心引物组合的科学方法,不仅为22份供试观赏桃种质构建了SSR指纹图谱,也为其它作物SSR指纹图谱的构建提供了新的思路。 | 王清明 程怡 马建伟 张云婷 张勇 | 2016 | 广西植物2016，36，3： | 5 |
| 10 | 重庆市常用及新选玉米自交系SSR指纹图谱构建显示文摘选用32对玉米SSR引物检测重庆市部分常用及新选玉米自交系间的遗传差异,基于扩增带型清晰、稳定和易于统计原则,从中筛选10对引物作为构建66个玉米自交系指纹图谱的核心引物.结果表明,共扩增出31个条带,每对引物检测到条带3~4个,平均为3.10个.多态性信息量(PIC值)变幅为0.487~0.723,平均为0.651.相似系数在0.29~0.94之间,平均值为0.62.聚类分析表明,10对引物可将66份玉米自交系区分开来.初步构建了重庆市66个玉米自交系的指纹图谱. | 邸仕忠 孙小红 罗永统 陈维竟 彭福英 彭福佳 杨飞 | 2015 | 安徽大学学报(自然科学版)2015，39，5： | 4 |
| 11 | 老芒麦野生种质资源遗传多样性的SSR分析显示文摘采用SSR标记技术,对来源于内蒙古5个盟市的7个样点的35份老芒麦(Elymus sibiricus)野生种质资源进行了遗传多样性分析.从筛选出多态性强、重复性好的20对引物中,检测出326个等位位点,平均每对引物产生12.55个多态位点;多态位点百分率为76.99%,遗传距离的变化范围在0.0000-0.3079之间,说明供试材料间亲缘关系较近;35份老芒麦种质的Nei’s遗传多样性指数(h)为0.2223,Shannon指数(I)为0.3288,意味着供试的35份材料间的遗传多样性相对丰富.在0.71水平处,测试材料大致分为两大类,来源于内蒙古东部、中部和西部区的材料交叉明显,表现出地理非同源性.本研究为探讨老芒麦遗传变异与环境的关系及老芒麦野生种质资源的保护提供了理论依据. | 吴昊 曲志才 闫伟红 张晓庆 马玉宝 王凯 祁娟 | 2013 | 曲阜师范大学学报(自然科学版)2013，39，4： | 4 |
| 12 | SSR标记在玉米研究中的应用研究进展显示文摘简单重复序列作为第二代分子标记技术,在农作物分子辅助育种、种质资源鉴定等方面得到了广泛的应用。该文介绍了SSR标记引物开发及其原理,并对SSR标记在玉米种质资源遗传多样性分析、DNA指纹图谱构建、杂交种种子纯度鉴定以及杂种优势种群划分等方面的应用进行了综述,旨在为推进精准育种、缩短育种周期等提供参考。 | 吴子温 路运才 | 2020 | 安徽农学通报2020，26，2： | 3 |
| 13 | 72个大白菜杂交种DNA指纹构建显示文摘生产实践中大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)杂交种的鉴定多依赖田间种植和表型鉴定,效率低、准确率不高,在分子标记研究技术越来越成熟的条件下,有必要尽快建立以分子标记技术为基础的大白菜杂交种快速、高效、精准鉴定技术。鉴于此,本研究采用86对插入/缺失(insertion/deletion,InDel)分子标记引物对40个大白菜杂交种进行普通PCR扩增和多态性检测,用Powermarker V3.25软件对检测结果进行比较分析,用MEGA7.0软件对40个杂交种进行聚类分析,通过比较每对引物在每个类群中的杂合率百分比,筛选适合不同类型大白菜杂交种DNA指纹构建的核心引物。结果显示,共得到189个多态性位点,每对引物平均可以检测出2.2个多态性位点;引物的杂合度指数介于0~0.6842,平均为0.3042;主要等位基因频率介于0.3919~1.0000,平均为0.7011;引物所能检测到的等位基因数目介于1~4个,有74对引物都只能检测到2个等位基因。聚类分析结果表明,40个杂交种基本按照产地分为进口和国产品种群,国产品种群又进一步依据抱合方式的不同分为叠抱、直筒和合抱类群;各类群之间杂合态百分比≥50%的引物数目及其在染色体上的分布差异较大。分别从各类群中筛选5对杂合态百分比≥50%且仅能检测出2个等位基因的引物组成20对核心引物,对另外32个近年来市场销售的杂交种进行PCR扩增和电泳检测,纯合位点检测结果根据迁移率大小被赋予0或1、杂合位点则被赋予H,所有核心引物按所在染色体从A01~10排列,相同染色体上的引物按其所在物理位置由小到大排列,构建了72个大白菜杂交种的DNA指纹。本研究所筛选的20对核心引物对未知新品种的DNA指纹构建具有通用性和兼容性,研究结果可为大白菜种质筛选和杂交种鉴定提供参考依据。 | 刘栓桃 张志刚 李巧云 王荣花 王立华 王树彬 赵智中 | 2021 | 农业生物技术学报2021，29，2： | 2 |
| 14 | 基于高基元SSR构建黍子DNA分子身份证显示文摘为了系统管理和区分鉴别黍子(Panicum miliaceum)资源,建立大数据管理平台,为种质身份标识的研究与鉴定提供理论依据,实现管理的科学规范化,选取来自于华北平原、黄土高原、东北平原等不同地理区域的20份黍子材料,基于30对高基元SSR引物(6、5、4碱基各重复4、10、21对)进行遗传多样性分析;利用PowerMarker3.25、PopGen 1.32和MEGA 5.0软件计算遗传多样性参数和遗传距离聚类,利用Ntsys 2.11和ID Analysis 4.0分别进行主成分分析和引物组合优化,利用在线条形码生成器(http://gffzzd119e9fbe2b14cech55wo56qx5o5n6fcx.ffgz.tsg.suse.edu.cn/app/html/bcgcode128.php)和在线二维码生成器(http://gffzz1450fdb025844063h55wo56qx5o5n6fcx.ffgz.tsg.suse.edu.cn)生成条形码和二维码DNA分子身份证。结果表明,所选取的35对引物中10对引物可作为候选核心引物,这10对引物共检测出等位变异10个,有效等位变异为2.168 2~2.985 1个,平均为2.636 7个;Shannon多样性指数为0.899 7~1.096 1,平均为1.020 6;观测杂合度为0.473 7~0.833 3,平均为0.677 7;期望观测杂合度为0.553 3~0.682 1,平均为0.635 0;Nei’s基因多样性指数为0.538 8~0.665 0,平均为0.617 3;多态性信息含量为0.526 2~0.749 3,平均为0.657 9。用5对引物组合(RYW8、RYW12、RYW5、RYW2、RYW1)可将全部材料区分,在线二维码生成器中输入各黍子的名称、统一编号、生态区、来源、字符串等信息,成功构建了20份黍子资源的DNA分子身份证。 | 丁艺冰 丁雨格 陈凌 王海岗 陈喜明 王瑞云 乔治军 | 2022 | 山西农业科学2022，50，5： | 2 |
| 15 | SSR标记在玉米遗传育种中的应用与研究显示文摘本文综述了SSR标记在玉米遗传多样性、指纹图谱构建、关联性分析方面的应用,并对SSR标记在玉米育种中的应用进行了展望。 | 石祥鹏 谢雨彤 吴曼妮 朱光枫 | 2018 | 江西农业2018，，12： | 1 |
| 16 | 太湖地区10份抗褐飞虱粳稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析显示文摘本研究利用分布于水稻12条染色体上的12个SSR标记构建了太湖稻区10份抗褐飞虱粳稻的DNA指纹图谱,并对粳稻品种之间的遗传相似性进行了分析,旨在为水稻抗性育种、种子纯度鉴定和新品种知识产权保护方面提供支持。研究结果显示:12对引物共检测到35个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为1~6个,平均为2.8个;筛选出3对核心引物(RM336, RM5414, RM190)并建立了10份抗褐飞虱粳稻的SSR指纹图谱;10份粳稻品种之间的相似系数变幅为0.20~0.91,平均为0.63,遗传相似系数在0.50以上的材料占全部的82.22%。UPGMA聚类结果显示:在遗传相似系数0.55处,10份粳稻材料可以分为2个类群。研究结果表明,太湖地区绝大多数抗褐飞虱粳稻品种遗传相似性高,遗传多样性不够丰富。 | 罗兵 孙海燕 高阳 杨志刚 沈宗根 端木银熙 卞涵佳 胡亚婷 | 2015 | 分子植物育种2015，13，4： | 1 |
| 17 | 玉米杂交种泛玉398及其亲本指纹图谱构建显示文摘为构建玉米杂交种泛玉398及其亲本的指纹图谱,利用40对玉米核心引物,通过简单序列重复长度多态性(SSR)分子标记技术进行分析。结果表明,筛选出6对亲本条带互补、清晰稳定的引物,分别是bnlg439w1、umc2015k3、umc1705w1、bnlg291k4、umc1147y4、bnlg1671y17,并将所构建指纹图谱数字化,分别用“0”和“1”表示,计算得到出现相同指纹图谱的概率为5.96×10^(-8)。这6对引物所构建指纹图谱可以用于玉米杂交种泛玉398及其亲本的真实性鉴定。 | 徐运峰 韦胜利 | 2023 | 种业导刊2023，，5： | 0 |
| 18 | 新疆春小麦SSR指纹图谱的构建显示文摘建立快速、准确的品种鉴定方法,是中国种子产业化发展的需要,同时对保护农民以及育种家的利益也具有重要意义。本研究采用SSR标记技术对新疆维吾尔自治区已审定的24个新春系列春小麦品种进行了初步分析,共确定了5对SSR核心引物,其中引物Xgwm 349的多态性最高,可将17个供试材料一次性区分开;引物Wmc47除了可以鉴别出5个供试品种外,还可将其余材料分为4个类群;此外,利用Wmc41、DP 269与Xgwm 304三个引物构建的全部供试品种SSR数字化指纹图谱,可以将所有供试材料完全鉴别出来。 | 梁红艳 | 2012 | 种子2012，31，7： | 0 |
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