共被期刊论文引用了3次
您的检索式：您选中1篇文献正在查看引证文献汇总
|
|
|
题名
|
作者
|
年代
|
出处
|
被引量
|
| 1 | 芋全长转录组测序分析及淀粉生物合成相关基因挖掘显示文摘【目的】获取芋(Colocasia esculenta)全长转录本序列和结构信息,并挖掘淀粉生物合成相关基因和转录本的结构信息,为后续阐明芋淀粉生物合成的分子机制及深入利用芋基因资源提供科学依据。【方法】以荔浦芋1号为试材,采集其3月龄植株的不同组织(叶片、叶柄、球茎、匍匐茎和根)开展混合样三代全长转录组测序,对获得的转录本进行功能注释,通过生物信息学方法分析转录本可变剪接(AS)、可变多聚腺苷酸化(APA)、长链非编码RNA(lncRNA)、转录因子(TF)和简单重复序列(SSR)等的结构信息,通过京都基因和基因组百科全书(KEGG)注释获得芋淀粉生物合成相关的基因和转录本,并对其进行AS和APA分析。【结果】通过对芋叶片、叶柄、球茎、匍匐茎和根混合样开展三代全长转录组测序,共获得全长转录本序列38043条;通过与参考基因组进行比对,鉴定出新转录本31058条,其中28785条获得功能注释;通过对转录本结构分析,共鉴定出9360个AS事件、6436个基因存在poly(A)位点、25081个SSR位点、304个lncRNA、1911个融合转录本和1608个TF。通过KEGG注释获得芋淀粉生物合成相关基因14个和转录本60条;对获得的转录本进行AS和APA分析发现,6个基因发生了AS事件,包括内含子保留(IR)、5′端可变剪接(A5SS)、3′端可变剪接(A3SS)、外显子跳跃(ES)和互斥可变外显子(MEE)5种类型,有10个基因存在poly(A)位点,其中7个基因存在2个及2个以上poly(A)位点。【结论】通过三代全长转录组测序分析获得芋全长转录本序列和结构信息,挖掘到芋淀粉生物合成相关基因14个,转录本60条,可作为后续阐明芋淀粉生物合成分子机制及深入利用芋基因资源的科学依据。 | 何芳练 刘莉莉 蒋慧萍 韦绍龙 邱祖杨 董伟清 | 2022 | 西南农业学报2022，35，6： | 3 |
| 2 | 薏苡核心种质甘油三酯含量测定及遗传多样性分析显示文摘以中国西南地区53份薏苡核心种质为材料,进行种仁5种甘油三酯含量检测和SSR遗传关系分析。结果表明:不同薏苡种质种仁中5种甘油三酯含量存在广泛变异,变异系数为47.56%~58.24%,遗传多样性指数为5.78~5.84。1-棕榈酸-2-油酸-3-亚油酸甘油酯含量最高,其次为三油酸甘油酯、1,2-亚油酸-3-油酸甘油酯和1,2-油酸-3亚油酸甘油酯,三亚油酸甘油酯含量最低,5种甘油三酯成分含量呈显著正相关。利用20对SSR引物对核心种质进行扫描,种质间表现了较高的遗传多样性,遗传相似系数为0.29~0.85。薏苡核心种质基于甘油三酯含量的聚类分析结果同基于遗传相似系数的聚类分析结果基本一致,本研究结果为高油薏苡种质创新及品种选育提供了理论依据。 | 尚昆 付瑜华 李秀诗 周祥 蒙秋伊 敖茂宏 | 2022 | 分子植物育种2022，20，14： | 0 |
| 3 | 天冬全长转录组测序分析显示文摘目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考。方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析。结果:从天冬转录组中共获得169319条isoforms,最终有147762条isoforms在公共数据库中注释成功。非冗余蛋白(NR)数据库结果显示,天冬与石刁柏Asparagus officinalis L.同源性最高;真核生物相邻类的聚簇(KOG)功能注释信息334380条,可分为25个基因功能大类;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,代谢相关的通路分布最多,为74095条。在注释到的54个转录因子家族中,MYB家族数目最多,共309条。在所有isoform中共检测到48042个简单重复序列位点,从单核苷酸到六核苷酸重复单元均有分布。结论:获得了较为可靠的天冬全长转录组数据,可为深入研究天冬生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。 | 陈芷宁 韦范 韦坤华 梁莹 胡营 韦筱媚 林杨 汤丹峰 缪剑华 | 2023 | 中国现代中药2023，25，7： | 0 |
您所在的机构暂未开通此部分的功能，请联系管理员