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1二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用显示文摘二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包括结构基因组学和功能基因组学以及转录组学研究中的应用,并就当前测序技术的发展趋势作了展望。高阳 薛大伟 钱前 高振宇 2015中国水稻科学2015,29,2:9
2植物耐铝机制研究进展显示文摘在酸性土壤中,植物会受到铝的毒害,从而严重影响植物的生长发育;而一些物种能耐受铝的毒害,使其在酸性土壤中正常生长。大量研究表明,植物生理水平的耐铝机制包括外部排斥机制和内部耐受机制2个方面:外部机制主要包括细胞分泌有机酸对Al3+螯合、提高根际周围pH值、降低根尖细胞壁的果胶含量等;内部机制主要是产生的有机酸与进入细胞内的Al3+螯合和细胞内部将Al3+区隔化,同时抗氧化代谢过程和激素信号转导过程也发挥着重要的作用。在分子水平上主要发现了与有机酸分泌相关的基因以及与内部忍受机制相关的耐铝基因,调控相关耐铝基因的转录因子也相继被报道。本文对植物所涉及的各种耐铝机制进行了综述,以期为培育耐铝植物提供理论基础。李晶 谢成建 玉永雄 杨星勇 2016江苏农业科学2016,44,12:8
3植物应答铝毒的分子机制研究进展显示文摘酸性土壤中的铝毒是限制农业生产和作物产量的主要因子之一,不同植物对铝毒响应不同。外部排斥机制和内部耐受机制是植物抗铝毒的最主要的两种生理机制。综述了铝毒对植物的危害;外源添加调节因子在植物缓解铝毒中的作用;耐铝基因的功能和转录调控;以及微生物群落在铝离子胁迫下对植物的影响;展望了未来的研究方向,并希望为之后相关研究提供依据。黄凯 张红宇 张菡倩 李元 祖艳群 陈建军 2021生物技术通报2021,37,3:5
4茶树CsASR基因的克隆及其表达分析显示文摘逆境胁迫影响茶树生长发育及茶叶品质,ASR(abscisic acid,stress,ripening-induced)基因在植物抗逆响应中具有重要功能。本研究以龙井43品种茶树为材料,从中克隆了CsASR基因的全长cDNA序列、基因组序列及其启动子序列,分析了该基因的生物信息学特征及在组织间和不同胁迫处理下的表达模式。结果显示,CsASR的cDNA序列全长875 bp,含有546 bp的ORF序列,编码181个氨基酸,蛋白质分子量19.89 kD,理论等电点5.69;CsASR蛋白结构序列中74.5%的序列为无序结构,是一种无序蛋白;CsASR的C-端含有ABA/WDS功能结构域,主要定位于细胞质和细胞核中;茶树CsASR与海枣的ASR相似性最高,为87%,而在进化树中与枣的关系最近。CsASR基因含2个外显子,第1个外显子长363 bp,第2个外显子长183 bp,内含子较大为2 750 bp,内含子中含7种简单重复序列和2种DNA转座子序列。克隆获得起始密码子ATG上游2 554 bp的启动子区序列,该启动子上含有干旱、低温、高温以及ABA等相关的顺式作用元件。CsASR在根中的表达量最低;ABA抑制CsASR的表达,而干旱、NaCl和低温胁迫能够显著上调CsASR的表达。表明CsASR基因可能与茶树抗逆密切相关。岳川 曹红利 郝心愿 郭玉琼 叶乃兴 王新超 杨亚军 2017茶叶科学2017,37,4:3
5Progress on Molecular Mechanism of Aluminum Resistance in Rice显示文摘Aluminum(Al)toxicity in acid soils is a significant limitation to crop production worldwide,as 13%of the world's rice is produced in acid soil with high Al content.Rice is likely the most Al-resistant cereal and also the cereal,where Al resistance is the most genetically complex with external detoxification and internal tolerance.Many Al-resistance genes in rice have been cloned,including Al resistance transcription factor 1(ART1)and other transcription factors,organic acid transporter genes,and metal ion transporter gene.This review summarized the recent characterized genes affecting Al tolerance in rice and the interrelationships between Al and other plant nutrients.Chen Jingguang Lai Qi Zeng Baiquan Guo Longbiao Ye Guoyou 2020Rice science2020,27,6:3
6木薯MeASR3基因的克隆及表达分析显示文摘【目的】克隆木薯脱落酸、胁迫、成熟诱导蛋白(abscisic acid, stress, ripening-induced, ASR)的cDNA序列,检测该基因在ABA、H_2O_2、NaCl和甘露醇4种处理下的表达模式,为揭示ASR基因在木薯耐旱机制中的作用提供参考。【方法】以木薯KU50叶片总RNA反转录的cDNA为模板,利用PCR的方法扩增获得一个ASR家族基因,对其进行了氨基酸序列比对和进化树分析,并利用荧光定量PCR技术对该基因在多种处理下的表达模式进行分析。【结果】克隆得到的cDNA长度为459 bp,编码153个氨基酸,命名为MeASR3 (GeneBank登录号:XM_021744431.1)。序列比对结果表明MeASR3含有ASR家族蛋白的主要特征功能域,进化树显示MeASR3与橡胶树来源的ASR蛋白亲缘关系最近。荧光定量结果表明MeASR3在转录水平受到H_2O_2、甘露醇和高盐胁迫的诱导作用,同时受到ABA的抑制作用。【结论】克隆获得木薯MeASR3基因,该基因在转录水平响应ABA处理以及氧化、高盐和干旱胁迫,可能参与到ABA以及多种胁迫下的信号转导途径,可作为候选基因用于木薯耐旱机制的研究。颜彦 铁韦韦 丁泽红 吴春来 胡伟 2019西南农业学报2019,32,7:2
7植物激素对铝毒胁迫反应调控的研究进展显示文摘铝是地壳中含量最丰富的金属元素,土壤酸化会导致其中铝的溶解度大幅增加,产生大量对植物有毒害作用的离子态Al3+,抑制根系生长,对养分吸收及众多生理生化代谢过程都会产生影响,进而降低作物产量。铝毒胁迫已经成为占全球耕地面积40%酸性土壤中作物生长的最主要限制因子。植物激素是调控植物应对各种环境胁迫反应的关键内源因子,对植物提升抗逆性和应对胁迫适应性生长、生存至关重要。脱落酸、生长素、乙烯、细胞分裂素和茉莉酸等主要植物激素在调控植物应对铝毒胁迫反应过程中发挥重要作用。大量研究表明,植物激素还可以通过调控细胞壁修饰酶活性、活性氧代谢和有机酸分泌来提升植物对铝毒胁迫的适应性。此外,不同植物激素信号间也存在复杂的交互作用,共同介导和调控植物应对铝毒胁迫适应性反应。为全面了解植物激素在铝毒胁迫反应中的作用机制,为植物铝毒耐性分子遗传改良提供新的思路,对植物激素信号在参与植物响应铝毒胁迫反应过程中的信号转导和调控作用进行综述,并对铝毒胁迫下植物激素的研究方向进行展望。彭李顺 曹峥英 杨本鹏 蔡文伟 2022广东农业科学2022,49,12:1
8ASR蛋白调控植物抗逆性的研究进展显示文摘ASR蛋白(Abscisic acid-,stress-,and ripening-induced proteins)具有转录因子和LEA蛋白的基本特征,在调控植物生长发育、衰老、果实成熟及对逆境胁迫的应答方面发挥着重要作用。本文综述了近年来国内外关于ASR蛋白的生化特征、ASR基因的表达调控、ASR基因在逆境胁迫中的功能及生理机制等方面的研究进展,为ASR蛋白生化特征的研究及ASR基因功能的研究提供参考。颜彦 韦运谢 侯晓婉 胡伟 2015热带作物学报2015,36,5:1
9外源水杨酸对铝胁迫下菊芋根系分泌物的影响显示文摘为探究铝胁迫对菊芋根系分泌物的影响以及外源水杨酸(SA)的缓解作用,该文以耐铝型南京菊芋和铝敏感型资阳菊芋为试验材料,采用土培法,设置铝浓度500μmol·L^(-1),分析了不同浓度(10、100、1000μmol·L^(-1))SA对铝胁迫下菊芋根系分泌物中有机酸、氨基酸以及根尖相关代谢酶活的影响。结果表明:(1)单铝胁迫会导致菊芋根系分泌物中柠檬酸、草酸、苹果酸浓度升高,且南京菊芋升高幅度大于资阳菊芋;柠檬酸合酶和苹果酸脱氢酶在单铝胁迫下活性增强;脯氨酸含量显著提升,总氨基酸浓度均显著减少。(2)外源SA加入后,南京菊芋根系分泌的柠檬酸、草酸、苹果酸浓度均得到不同程度提高,但经高浓度(1000μmol·L^(-1))SA处理后资阳菊芋根系分泌草酸显著降低,且在各浓度SA处理下苹果酸浓度均无明显变化;柠檬酸合酶活性出现不同程度的增强,但对南京菊芋根尖中苹果酸脱氢酶活性影响不大,且高浓度(1000μmol·L^(-1))SA处理后显著降低了资阳菊芋根尖中苹果酸脱氢酶活性;脯氨酸含量显著下降,从总氨基酸浓度变化来看,南京菊芋在高浓度(1000μmol·L^(-1))SA、资阳菊芋在低浓度(10μmol·L^(-1))SA处理下得到最大缓解效果。因此,菊芋通过分泌有机酸应对铝毒侵害,外源SA可促进菊芋根系有机酸代谢速率,分泌更多的有机酸来缓解铝胁迫,这种缓解效果在耐铝性相对较强的南京菊芋中表现更好。杨文敏 严浙楠 毛纪隆 倪晓菁 黄家妮 潘蕾蕾 张雅琦 娄赛炜 杨颜裴 张丽宇 刘鹏 2022广西植物2022,42,7:1
10铝诱导的茶树根系转录组变化分析显示文摘探讨茶树响应铝(Aluminum,Al)的基因调控网络和表达模式,确定一些关键候选基因,为茶树耐Al分子机制研究奠定基础。测定了0、0.2、1、2、4 mmol·L^-1 5个Al^3+浓度处理7 d的福鼎大白茶根系抗氧化酶活性和Al含量变化,并提取0 mmol·L^-1(R0)、1 mmol·L^-1(R1)和4 mmol·L^-1(R4)3个浓度下的茶树根系总RNA,通过Illumina Hiseq Xten平台进行高通量转录组测序。结果表明,随着Al^3+浓度的升高,根系POD(Peroxidase,过氧化物酶)活性逐渐下降,APX(Ascorbic acid peroxidase,抗坏血酸过氧化物酶)活性则逐渐升高。SOD(Superoxide dismutase,超氧化物歧化酶)活性在Al^3+浓度为1 mmol·L^-1时最高,CAT(Catalase,过氧化氢酶)活性在各处理间无显著差异。根系中Al含量随着Al^3+浓度的升高呈先上升后下降趋势,在Al^3+浓度为1 mmol·L^-1时达到最高。经筛选得到R1 VS R0,R4 VS R0,R4 VS R1的DEGs(Differentially expressed genes)分别为1 894、2 439个和1 384个,显著上调(下调)的差异表达基因分别有733(1 161)、846(1 593)个和628(756)个。GO富集分析表明,3个处理组在生物学途径中富集最多的类别均为刺激响应。在分子功能和细胞组件方面,R1 VS R0和R4 VS R0富集最多的类别均为核酸结合转录因子活性和细胞外围,R4 VS R1富集最多的类别为氧化还原酶活性相关基因和膜区域。KEGG富集分析表明,R1 VS R0、R4 VS R0、R4 VS R1分别显著富集了29、41条和19条Pathway,它们包括转录因子、转运蛋白、植物-病原菌互作、苯丙烷生物合成途径等,鉴定到多个参与调控活性氧代谢、有机酸或金属转运蛋白、转录因子及细胞壁结构修饰等生理过程的基因在Al诱导后上调或抑制表达,显示这些基因与茶树耐Al分子机制密切相关。黄丹娟 谭荣荣 陈勋 王红娟 龚自明 王友平 毛迎新 2019茶叶科学2019,39,5:1
11水稻耐铝毒害生理和分子机制研究进展显示文摘水稻(Oryza sativa L.)是人类最重要的粮食作物之一。铝是地壳中含量最高的金属元素,酸性土壤中的铝毒害严重限制了水稻的生长和产量。因此,提高酸性土壤上农作物的产量,选育和推广耐铝毒的高产品种,开展作物耐铝机理的研究具有较大的理论与实践意义。与其他农作物相比,水稻对铝胁迫表现出优越的耐受性,这主要是因为水稻对铝毒害具有较强的外部斥铝机制和内部忍耐机制。有机酸、活性氧清除系统、植物激素以及其他离子拮抗作用在水稻对铝毒害的响应中起重要作用。水稻耐铝性是受多基因控制的数量性状,且易受环境影响。随着测序技术的发展,越来越多的水稻耐铝相关QTL被鉴定,但目前仅有20余个水稻耐铝基因被克隆,它们主要是转录因子、离子转运蛋白、激素输入和输出载体,耐铝相关基因仍有待进一步挖掘和利用。本文概述了水稻耐铝遗传和已报道的耐铝QTL,进而对水稻耐铝的生理机制和分子机理研究的进展进行综述,最后对水稻耐铝性的研究方向和研究热点进行了讨论和展望。邢俊连 彭歆 2022广东农业科学2022,49,9:0
12水稻铝害研究进展显示文摘水稻(Oryza sativa L.)是世界上最重要的粮食作物之一,其种植的土壤pH常为酸性,易产生铝胁迫,导致产量下降且影响稻米的食用安全.水稻受到铝害时,会显著抑制根系生长,影响其生长发育.本文综述了水稻铝害发生的条件、缓解铝害的主要途径及作用机制、耐铝基因的鉴定和转录调控机制,为耐铝水稻品种的选育提供理论基础.李晟昱 周琪 何汶珈 乔景璇 李晓琳 包格根 2023仲恺农业工程学院学报2023,36,1:0
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