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| 1 | 辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析显示文摘采用生物信息学的方法,共鉴定出22个辣椒Aux/IAA基因,经聚类分析,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7个亚族。这些基因非均匀地分布在辣椒7条染色体上,其中第3条染色体上分布最多,有8个Aux/IAA基因。这些基因在辣椒的根、茎、叶、花、花蕾以及果实各个发育时期的表达模式显示:Capana03g000310在每个组织的各个发育时期都能检测到表达,且表达量较高,呈现出明显的组成型表达模式。Capana00g002758只在根和茎中检测到表达,Capana03g000311和Capana06g001465只在花和果实中检测到有较高表达量,呈现出明显的特异型表达模式。以辣椒6421高世代自交系为试验材料,用30μmol/L脱落酸处理幼叶,采用qRT–PCR进行分析,结果表明:辣椒Capana00g002644和Capana01g001423的相对表达量高于对照,而Capana09g001096、Capana06g001308、Capana03g004455、Capana00g000845、Capana03g004568、Capana03g000244和Capana03g000310的相对表达量均低于对照,说明脱落酸胁迫可以对辣椒Aux/IAA部分基因产生明显的正向或负向诱导。 | 张帆 马艳青 李雪峰 杨博智 郑井元 邹学校 谢玲玲 刘峰 | 2018 | 湖南农业大学学报(自然科学版)2018，44，6： | 4 |
| 2 | 柚AUX/IAA基因族的基因注释分析显示文摘以De novo转录组学方法分析柚Citrus grandis Osbeck cv.生长素/吲哚乙酸蛋白(auxin/indoleacetic acids protein,AUX/IAA)基因家族的基因。以特早熟龙柚(变异型)和琯溪蜜柚(参照型)嫩果和叶片为材料,经过RNA提取、反转录、测序、组装得到Unigene序列。Unigene序列在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG四大数据库中进行比对,获得AUX/IAA家族基因注释结果。采用数字基因表达标签(digital gene expression tag,DGE)技术,对样本中基因转录丰度以RPKM值表示,比较处理组和对照组的RPKM值,以倍性变化≥2确定差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。从特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中,总共注释到17个AUX/IAA基因家族基因,它们都在特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中表达。其中在龙柚嫩果(FE)和蜜柚嫩果(FL)中有1个差异表达基因(序号:035781);在龙柚叶片(LE)和蜜柚叶片(LL)中有1个差异表达基因(序号:001808)。注释到的17个AUX/IAA基因家族基因各有14个在克莱门特柚Citrus clementina和中国甜橙Citrus sinensis报道过。 | 张敬虎 潘一山 王少峰 邹金美 陈羡德 朱阳 蔡文燕 蓝炎阳 | 2015 | 福建热作科技2015，40，4： | 1 |
| 3 | 油棕Aux/IAA基因家族鉴定与生物信息学分析显示文摘Aux/IAA基因家族是植物激素生长素(Auxin)早期反应的三大家族之一,研究Aux/IAA基因家族有利于深入探讨生长素信号转导分子机制,而油棕Aux/IAA基因家族的全基因组分析尚无报道。本研究利用生物信息学方法在油棕中鉴定到55个Aux/IAA家族基因,染色体定位分析表明其中50个分布在油棕的除第5、第13、第14、第15染色体外的不同染色体上;聚类分析将油棕Aux/IAA分为A、B两大类群,8个亚族;分析油棕Aux/IAA基因的表达模式,表明其Aux/IAA基因家族不同亚族基因的表达模式存在较大差异,其中一些基因可能与油棕的授粉受精过程相关。本研究将为油棕Aux/IAA基因家族各基因的具体功能研究提供一定的理论依据,并对油棕育种研究和高产栽培提供一定的参考。 | 杨蒙迪 金龙飞 周丽霞 窦雅静 曹红星 李新国 | 2021 | 分子植物育种2021，19，5： | 1 |
| 4 | 芜菁PIN基因家族的鉴定与生物信息学分析显示文摘芜菁(Brassica campestris L.ssp.rapifera Matag syn.B.rapa L.)是十字花科芸薹属园艺作物,其下胚轴和主根膨大形成肉质直根。PIN(Pin-formed)是一种植物特异性蛋白,作为生长素的输出载体,介导生长素的极性运输形成生长素不对称分布,从而在植物生长发育过程中起重要作用,然而目前在芜菁中还缺乏对PIN蛋白的系统研究。本研究基于芜菁及其他植物基因组,结合芜菁和普通白菜下胚轴不同发育时期转录组数据,通过生物信息学方法,对芜菁PIN基因家族进行了鉴定,并进行了蛋白结构及基因结构分析、系统发育分析、共线性分析和表达分析。结果表明,芜菁中共有13个BcPIN,数量多于拟南芥和甜菜,但略少于萝卜、胡萝卜和水稻;不同物种间同种类PIN基因数量存在差异;芜菁PIN家族与拟南芥、萝卜PIN家族基因进化关系较近,与水稻PIN家族基因关系较远,分布在4条染色体上,包括7个共线性基因对;BcPINs启动子含有多种顺式作用元件,受多种信号调控,但不同BcPINs的顺式元件种类存在差异;BcPINs的氨基酸个数在270~661之间,分子量在29.81~70.92 kD之间,大多为碱性疏水蛋白,均含有7~10个跨膜结构域,包含4~10个保守基,定位在膜上;7个BcPIN在芜菁下胚轴不同发育时期的表达趋势与普通白菜存在差异,可能参与芜菁肉质直根的形成过程。据此,本研究鉴定了芜菁中的PIN基因家族,并对其功能进行了预测,为芜菁的分子设计育种和进一步研究植物贮藏器官发育机制提供了依据。 | 刘锐诚 梁雨薇 孙福辉 黄鹂 | 2023 | 分子植物育种2023，21，2： | 0 |
| 5 | 利用人工miRNA沉默StIAA22对马铃薯根系构型的影响显示文摘通过检测26个StIAA家族基因在马铃薯根系发育过程中的表达发现:18个StIAA基因在根系成熟后的表达量比发育初期显著上调,8个StIAA基因变化不显著。利用人工microRNA(artificial microRNA,amiRNA)技术对上调表达最为显著的StIAA22做进一步的功能研究:构建干扰表达载体pBI121-amiRIAA,通过根癌农杆菌介导法转入马铃薯栽培品种‘Dèsirèe’。经定量PCR检测,StIAA22在所有转基因株系中的表达均受到明显抑制;其根系形态构型与非转基因植株差异明显,根系生长受到抑制,根长明显变短,侧根数量增加,根系生物量减少。以上结果表明StIAA22在调节马铃薯根系形态建成中起关键作用。 | 杨江伟 段小琴 张飞燕 张丽 邓玉荣 王晓凤 郑智勇 张宁 司怀军 | 2023 | 园艺学报2023，50，10： | 0 |
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