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| 1 | 菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发显示文摘简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记具有多态性高、重复性好、共显性等特点,已广泛用于蔬菜作物遗传育种研究中。本研究利用MISA软件对菠菜(Spinacia oleracea)转录组SSR位点信息进行分析,开发适用于菠菜的SSR分子标记,并对不同菠菜材料的遗传多样性进行分析。结果显示,在获得的44 796条基因簇(Unigene)中检测出2 045个SSR位点,检测出2 045个SSR位点,分布在1 940条Unigene上,发生频率为4.33%,平均距离为19.81 kb。菠菜SSR中以单、三、四核苷酸重复为主,分别占总SSR的19%、65%和7%,重复长度主要为18~24 bp,占菠菜总SSR的93.55%,以重复次数6次和7次为主,分别占菠菜总SSR的31.42%和31.05%。菠菜转录组中单核苷酸重复类型为A/T,二核苷酸重复主要为GA/TC和AG/CT,三核苷酸重复主要以CAA/TTG、GTT/AAC、GAA/TTC、TGT/ACA和GAT/ATC为主。本研究共设计了2 199对SSR特异位点引物,随机挑选218对引物对9个不同类型的菠菜材料进行扩增检测,其中38对表现出多态性。利用UPGMA做图进行聚类分析,9份菠菜材料聚为3类。本研究通过对菠菜转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发,获得了多态性较为丰富的SSR位点,为菠菜遗传多样性的分析、遗传图谱的构建及分子标记辅助育种提供了基础资料。 | 潜宗伟 陈海丽 崔彦玲 | 2016 | 农业生物技术学报2016，24，11： | 21 |
| 2 | 大白菜简单序列重复(SSR)和插入/缺失(InDel)标记的开发及通用性分析显示文摘为探讨大白菜基因组序列中SSR位点的分布规律并开发SSR引物,利用SSRHunter软件对大白菜A10(16899818~17299817)的DNA序列进行简单序列重复(SSR)位点查找,共得到394个SSRs,平均每1.02kb出现1个SSR。二核苷酸和三核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占79.44%和18.78%。为了提高SSR标记开发的准确性和通用性,对检索得到的含SSR位点的序列进行了同源比对,选取符合条件的15条SSR序列并设计引物;依据Blast过程中发现的在SSR位点不存在差异而在其侧翼序列中存在插入/缺失(InDel)差异的序列,设计了19条InDel引物。用34对SSR及InDel引物在6个大白菜(Brassica rapassp.pekinesis)材料中进行多态性研究,发现28对引物能扩增出理想的PCR产物,有效扩增率为82.35%,其中27对引物具有多态性,多态性比率为79.41%。为验证SSR引物的真实性,随机对4对SSR引物的部分白菜扩增片段进行了测序,发现100%的片段具有相应的SSR位点。28对SSR和InDel引物在甘蓝(B.oleracea)、油菜(B.napus)和萝卜(Raphanus sativus)品种的有效扩增率分别为85.71%、100%和77.78%,说明新开发的SSR和InDel标记具有较好的多态性和通用性。利用6对引物分析了48份十字花科种质的遗传多样性,结果表明48份材料被明显地区分成白菜和甘蓝组、萝卜组、油菜组3大类群,与传统分类一致。大白菜SSR和InDel标记的开发对于十字花科种质亲缘关系及遗传多样性分析具有重要的应用价值。 | 仪泽会 卢有飞 郭晓芹 惠麦侠 张鲁刚 张明科 | 2012 | 农业生物技术学报2012，20，12： | 14 |
| 3 | 我国蔬菜种质资源工作70年回顾与展望显示文摘蔬菜以其独特的营养价值一直是我国人民日常生活中不可替代的副食晶。据2018年农业部统计,我国蔬菜(不含瓜果类)的总播种面积为2233万hm^2,总产量达7.98亿t,总产值已超过2万亿元,在国内农产品中排列第一,名列世界蔬菜产业之首。蔬菜产业已经成为我国农业增效、农民增收、农村发展的支柱产业,在提高人民生活水平和发展国民经济中具有十分重要的作用。然而,在蔬菜生产蓬勃发展的过程中,随着人口的增长和城市化,以及工农业的发展,人类赖以生存的生态环境已被悄然改变,农业自然资源遭到严重破坏。到20世纪50年代,我国主要蔬菜作物的地方品种、野生种及其野生近缘种逐渐消失;70年代后期以来,以少数骨干亲本为材料的几种主要蔬菜高产杂交品种逐渐占据了蔬菜生产和供给的绝大部分,在推动蔬菜生产总量跨越式发展的同时,蔬菜生产结构逐渐显现不合理,可持续发展问题日渐突出。当现代蔬菜产业发展到21世纪20年代的前夕,回望蔬菜种质资源研究工作的发展历程,期望以史为鉴知更替。为此,本期业界观察特邀中国农业科学院蔬菜花卉研究所李锡香研究员就新中国成立后蔬菜种质资源发展70年进行回顾、梳理和展望,以期与更多的相关工作者共同思考、讨论。 | 阳文龙 李锡香 | 2019 | 蔬菜2019，0，12： | 10 |
| 4 | 华南型黄瓜种质遗传多样性的SSR分析显示文摘为探究华南型黄瓜种质的遗传多样性及亲缘关系,以48份黄瓜自交系为试材,利用37对SSR引物对其进行遗传聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:11对多态性SSR引物共在40个位点扩增出条带,平均每个引物扩增位点3.64个;多态性位点36个,引物多态性达90%。48份黄瓜材料的遗传相似系数(GS)介于0.375~1.000之间,平均值为0.720。采用UPGMA法进行聚类分析,在GS 0.726处,可将48份黄瓜材料聚为4类,各类群分别包含14、25、3和6份种质,其农艺性状差异主要表现在第1分枝节位、下胚轴长、子叶色、第1雌花节位、瓜长、单瓜重及瓜皮色、斑纹和棱刺等外观特征上。通过指纹图谱构建,可以对38份黄瓜材料进行鉴别。研究表明华南型黄瓜种质具有丰富的遗传多样性,可用于黄瓜遗传改良和品种选育。 | 史建磊 陈先知 王克磊 黄宗安 朱隆静 | 2017 | 分子植物育种2017，15，6： | 8 |
| 5 | 基于SSR分子标记的大蒜种质资源遗传多样性研究显示文摘大蒜为无性繁殖作物,其生物学特征在经历气候变迁、自然选择和人工选择后发生了多方面变异,从而形成了众多地方品种。因此,研究大蒜种质资源的遗传多样性为大蒜的科学分类及品种鉴定、保存、遗传改良提供科学依据。采用SSR(简单重复序列,simple sequence repeats)分子标记技术对55份大蒜种质的基因组DNA进行多态性扩增。用POPGENE version1.32软件计算有效等位基因数Ne、Nei’s遗传相似系数(GS)、遗传距离(GD)、Nei’s遗传多样性指数、Shannon信息指数等指标,并采用NTSYS pc 21-2软件进行种质间的UPGMA(非加权组平均法,un-weighted pair-group method)聚类分析和基于Nei’s遗传距离的组群间聚类分析。结果表明,7对引物共扩增出75条带,多态性条带为73条(多态性比率为97.33%),每对引物平均扩增出10.71个位点和10.43个多态性位点,说明SSR分子标记揭示的多态性强。55份大蒜种质的平均Nei’s遗传多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.1335和0.2278。大蒜具有较高的遗传多样性,聚为一类的大蒜多来源于相同或相近区域。 | 孙亚丽 史庆华 刘世琦 孙秀东 陈亚霏 钱胜艳 刘星辰 | 2017 | 山东农业大学学报(自然科学版)2017，48，3： | 8 |
| 6 | 我国大蒜种质资源研究进展显示文摘简要介绍了大蒜的起源和分类,综述了我国大蒜种质资源在搜集、保存、鉴定和评价等方面的主要研究进展,提出了我国大蒜种质资源研究中的问题及今后的发展方向。 | 石瑜 王敬民 李敬华 程栋 乔峰 安萌萌 刘艳红 王博 | 2018 | 农业科技通讯2018，，10： | 6 |
| 7 | 基于GBS技术的233份大蒜种质资源群体进化分析显示文摘本试验利用233份大蒜的自然群体资料,主要使用简化基因组测序(GBS)技术,得到高质量的有效数据量为1486.5896Gb,平均每个样本6.3802Gb,共获得高质量的SNPs位点2036116个,较均匀地分布在8条染色体上。基于获得的SNP标记进行主成分分析(PCA)与系统进化树分析,PCA将大蒜群体划分为4大类,系统进化树将大蒜群体划分为8个亚群,将8个亚群用不同颜色在PCA图中呈现,两者结果基本一致,表明大蒜种质间亲缘关系主要受地理起源影响较大,另外也与各地大蒜种质资源交流频繁和气候环境等有一定关系。本研究结果可为大蒜种质资源的收集和保护提供依据,为发掘优良种质、优良基因和大蒜性状分子改良提供资源。 | 管梦娇 谢亚楠 顾启玉 孙秀东 高荣广 | 2021 | 山东农业科学2021，53，4： | 5 |
| 8 | 利用SSRseq分子标记的大蒜种质资源遗传多样性研究显示文摘利用筛选出的24对SSRseq引物对来自世界各地的676份大蒜种质进行遗传多样性、主坐标和群体遗传结构分析。结果表明:24对SSRseq标记在676份种质中共检测到124个多态性位点,平均等位位点数为5.17个,Nei’s多样性指数平均为1.77,Shannon’s信息指数平均为0.62,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.33和0.34。用邻近法将676份资源划分为4类,其中第Ⅰ类包括以来源于亚洲中高纬度为主的186份种质,第Ⅱ类包括以来源于欧洲、中亚和北美洲为主的205份种质,第Ⅲ类包括以亚洲半抽薹类型的资源为主的132份种质,第Ⅳ类包括以来源于亚洲低纬度为主的153份种质。主坐标分析表明,亚洲低纬度地区的种质聚集在第Ⅰ类与第Ⅲ类,亚洲中高纬地区、欧洲、北美洲地区的种质聚集在第Ⅱ类。群体遗传结构分析将种质资源划分为4类,与邻近法聚类分析相似,以来自欧洲、中亚、北美洲为主的种质资源群体基因多样性和Shannon’s多样性信息指数最大,分别为0.3213与0.5933。用邻近法聚类分析与群体遗传结构分析均将382份中国资源划分为4类,分别以华北、华南、蒙新、西南地区种质为主。主坐标分析表明,中国华北、华南地区的种质分布在PC1的两端,表现出较远的亲缘关系。研究结果将为后期大蒜资源的深入评价和品种选育提供重要参考。 | 赵青 都真真 李锡香 宋江萍 张晓辉 阳文龙 贾会霞 王海平 | 2021 | 园艺学报2021，48，7： | 5 |
| 9 | 大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发显示文摘为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 | 刘新雨 田洁 | 2020 | 浙江农业学报2020，32，9： | 4 |
| 10 | 大蒜农艺性状与SSR遗传多样性关联分析显示文摘为挖掘与大蒜重要农艺性状相关联的分子标记,本试验选用7对有多态性的SSR引物对158份大蒜种质材料进行遗传多样性分析,利用Structure 2.3.4软件分析群体遗传结构,并采用Tassel 3.0软件中一般线性模型(GLM)进行大蒜12个农艺性状与SSR标记的关联分析。结果显示,12个农艺性状差异明显,其中单头鳞茎重变异系数最大。7对SSR引物共检测到44个等位位点,平均每对引物6.286个;Shannon信息指数(I)分布范围为1.074~1.568,平均值为1.323;引物多态性信息含量(PIC)分布范围为0.563~0.749,平均值为0.640。聚类分析将该群体分为3类,从亚类群Ⅲ-1、Ⅲ-2中筛选出4份鳞茎高产的大蒜材料;群体遗传结构分析也将该群体分为3类。关联分析共检测到3个与大蒜重要农艺性状显著相关联的标记(P<0.05或P<0.01),表型变异的解释率为4.78%~25.78%,平均为13.43%。本试验筛选出的4份大蒜材料有助于鳞茎高产大蒜专用品种的选育,获得的大蒜农艺性状相关联位点可为大蒜的分子标记辅助育种提供参考。 | 李菊 杨亮 苗明军 李志 王海平 王培 李跃建 常伟 | 2022 | 分子植物育种2022，20，23： | 1 |
| 11 | 102份亚洲棉SSR遗传多样性分析显示文摘国内外关于不同地域亚洲棉遗传多样性是否存在较大差异尚无详细报道。本研究对来源于印度、越南和中国(贵州,广西和云南等省)不同地域的102份亚洲棉进行了SSR遗传多样性分析。研究结果显示,26对SSR引物共检测到103条多态性条带,平均每对引物扩增出约3.96条多态性片段;SSR引物组合平均多态性信息含量、基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.59、0.283 5和0.436 1;不同地域的亚洲棉遗传多样性程度不同;UPGMA聚类分析和主成分分析结果基本一致,102份亚洲棉可以聚类到三个组,来源于云南的滇亚16号与其他种质遗传距离较远,单独归为一个组。研究结果表明,亚洲棉具有丰富的遗传多样性,不同地域的亚洲棉遗传多样性不同。 | 刘方 王玉红 王春英 高伟 周忠丽 蔡小彦 王星星 周月娟 王坤波 | 2015 | 分子植物育种2015，13，4： | 1 |
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