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| 1 | 荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发显示文摘【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb。在1—6 bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09%,二者出现的频率分别为37.27%和31.82%。共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC(16.82%);其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55%、11.82%、5.00%和3.64%。不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大。设计、合成150对EST-SSR引物,122对(81.33%)引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性。【结论】荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高。本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了100对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列。 | 孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜 | 2011 | 中国农业科学2011，44，19： | 54 |
| 2 | 桉树EST序列中微卫星含量及相关特征显示文摘通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。 | 李淑娴 张新叶 王英亚 尹佟明 | 2010 | 植物学报2010，45，3： | 39 |
| 3 | 花生EST资源的SSR信息分析显示文摘微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中。为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到全长为5125.94kb的无冗余EST8391条。在这些序列中搜索出1109个SSR,分布于946条EST中,出现频率是11.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.16bp,平均分布频率1/4.62kb。在1~6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(49.23%),其次是二核苷酸(32.83%)、单核苷酸(14.88%)。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的71.43%和31.50%。本研究为开发多态性花生微卫星标记提供了候选序列。 | 柳展基 孙萍 步迅 | 2008 | 花生学报2008，37，4： | 17 |
| 4 | 栽培种花生EST-SSR引物的开发及应用显示文摘从高油抗青枯病花生新品系'06-4104'构建的5个cDNA文库获得了63207条EST,经序列拼接,获得14547条Uni-EST。经MISA检索,在这些Uni-EST中共检测出2643个SSR位点,分布于2250条EST中,发生频率为15.5%,平均每3.1kbEST序列含有一个SSR位点。其中,三核苷酸重复类型出现频率最高,占SSR总数的49.1%,其次是二核苷酸重复类型,占SSR总数的45.8%。在发现的46类重复基序中,AG/TC重复基序的频率最高,AAG/TTC次之。利用Primer3从含有SSR的2250条EST中共设计引物100对,利用这些引物检测花生栽培品种的多态性。结果表明,在所设计的100对引物中有91对在供试的6个花生栽培品种中得到有效扩增,其中13对得到了多态性的扩增产物,每对引物检测出的等位基因数2~3个,平均2.2个。 | 肖洋 廖伯寿 晏立英 黄家权 任小平 雷永 姜慧芳 | 2010 | 湖北农业科学2010，49，11： | 6 |
| 5 | 海蓬子属植物EST序列的SSR信息分析与标记开发显示文摘为明确海蓬子EST序列中SSR的总体特征,开发海蓬子EST-SSR引物,从NCBI网站下载海蓬子及其近缘植物EST序列,利用Cross match等软件过滤掉载体序列、polyA/T和过短或过长的低质量序列,经CAP3软件拼接后获得非冗余EST,然后用在线软件SSRIT从这些序列中查找SSR,采用primer5.0软件设计SSR引物,并进行PCR扩增,对引物适用性进行评价。结果表明,截止2013年5月,NCBI数据库共有海蓬子相关EST序列1 439条,经软件处理后获得无冗余EST序列1 139条,总长542 084 bp,从这些序列中搜索到210个SSR,分布于167条EST中,出现频率为14.66%。SSR平均分布距离为2.58 kb,平均长度为14.56 bp;三核苷酸重复是主导类型,占ESTSSRs总数的40.95%,其次为四核苷酸和五核苷酸重复,分别占29.52%和13.33%;二核苷酸占11.90%,六核苷酸最少,仅占4.29%。在所有类型的重复基元中,ACT/AGT类型最多,占10.95%,其次为AAT/ATT和ACG/CGT,分别占8.10%和6.67%。随机挑选了30个SSR位点,根据其两侧保守序列,设计并合成了相应的EST-SSR引物,对海蓬子DNA进行PCR检测分析,结果有14对引物获得了清晰的条带,进一步将其中的5对引物对10个样本小群体进行了验证,结果显示有较好的多态性。该研究结果表明海蓬子EST序列中含有高频率的SSR位点,ESTSSR标记开发效率较高,为进一步开展海蓬子分子标记研究提供了一批适用的EST-SSR引物。 | 黄益洪 张强 张大勇 徐照龙 许玲 刘晓庆 何晓兰 马鸿翔 | 2013 | 江苏农业学报2013，29，6： | 3 |
| 6 | 油橄榄种质资源分类及品种鉴定研究进展显示文摘油橄榄的种类和品种的鉴定是油橄榄种质资源研究和新品种保护的基础。本文主要从形态学标记、细胞学标记、生化标记和DNA标记4个方面对油橄榄的鉴定进行了阐述及评价以及重点对几种主要的分子标记进行的比较。此外,本文还对油橄榄品种鉴定方法的发展趋势进行了展望。 | 周轩 | 2009 | 生命科学仪器2009，7，6： | 2 |
| 7 | 河南省花生品种(系)基于SSR分子标记的遗传多样性研究显示文摘花生是我国重要的经济作物和油料作物。对河南省不同类型花生品种的遗传多样性进行分析、评价具有重要意义。本研究利用200对多态性较好的SSR分子标记对河南省近年来正在推广及新选育的60个花生品种(系)进行遗传多样性研究,品种(系)间相似性分析结果表明:平均遗传相似系数为0.3,在实验分析的1770个关系组合中,仅有616个遗传相似系数大于0.5,说明这些品种大多具有较低的遗传相似性。聚类结果表明,在距离320处,60份花生品种(系)被分成了5大类群,第一类群含有32个品种,第二、第三类群分别含有8个品种,第四类含有3个品种,第五类群含有9个品种。这五大类群中,均含有来源于郑州的品种。研究结果也表明,开19-2、商花10号和开农012具有独特的遗传背景,是重要的花生资源。本研究对60个河南省花生品种(系)的遗传多样性的分析,可以为花生新品种选育提供重要的理论参考。 | 杨海棠 胡延岭 李盼 刘软枝 廖先静 朱丽丽 韩华民 | 2019 | 花生学报2019，48，1： | 1 |
| 8 | 花生重要农艺及产量性状的全基因组关联分析显示文摘通过关联分析法发掘与花生(Arachis hypogaea)产量性状显著关联、同时又在花生基因组上随机分布的SSR位点及优异等位变异,可了解产量相关基因区域的分布特点,有助于利用分子标记辅助选择方法选育高产花生新品种。选用64个SSR标记,采用MLM(Q+K)方法对166份花生资源进行全基因组关联分析。结果表明,通过聚类分析和结构划分,供试群体受其综合性状遗传特点和来源地域的影响可被划分成7个亚群,聚类结果与群体结构基本一致,同时群体特点与材料来源地的生态划分符合同类聚集的规律。通过对6个产量相关性状的3年数值的关联分析,分别发掘出SSR位点有20个、33个和26个,2年以上重复检出的SSR位点有13个(P<0.05),各SSR位点的表型变异解释率范围为0.011–0.348 1,平均为0.067 3;共检出590个等位变异,平均每个标记位点12.29个,表型变异解释率值最高的是与单株果数呈显著关联的位点TC1A02(P<0.001),含21个等位变异;与产量构成主要因子紧密关联的位点中,百果重的TC1A02-C470(+41.588 5)、TC1A02-C560(+40.926 1)和p PGPseq2E6-B473(+63.953 4),单株果数的TC1A02-C500(+7.374 4),单株饱果数的GM1843-E157(+4.316 6),可用于产量性状的分子辅助育种。 | 严玫 张新友 韩锁义 黄冰艳 董文召 刘华 孙子淇 张忠信 汤丰收 | 2015 | 植物学报2015，50，4： | 1 |
| 9 | 紫萍和兰氏萍不同克隆的生长性状及其与微卫星标记的关联性分析显示文摘对紫萍[Spirodela polyrhiza(Linn.) Schleid.]3个克隆和兰氏萍[Landoltia punctata(G. Meyer) Les et D. J. Crawford]3个克隆的所有克隆分株的单株叶状体数,单叶状体的根数、总根长和平均根长以及叶状体的长度和宽度进行分析,基于微卫星标记扩增结果对6个克隆在各微卫星位点的基因型进行分析,并对各微卫星位点与2种浮萍生长性状的关联性进行分析,还对2种浮萍各微卫星位点不同基因型间的生长性状进行多重比较。结果表明:紫萍单叶状体的根数、总根长和平均根长及叶状体宽度在3个克隆间以及兰氏萍各生长性状在3个克隆间均存在显著(P<0.05)差异。紫萍3个克隆在Sp25、Sp30、Sp47和Sp53位点的基因型不同,兰氏萍3个克隆在Sp10、Sp14、Sp16、Sp42、Sp47、Sp51、Sp52和Sp53位点的基因型不同;紫萍3个克隆在Sp6、Sp14、Sp16、Sp25、Sp36、Sp45、Sp47和Sp51位点的基因型和等位基因与兰氏萍不同;2种浮萍6个克隆在Sp4、Sp12、Sp28、Sp29和Sp43位点的基因型相同。Sp25、Sp30、Sp47和Sp53位点与紫萍单叶状体的根数、总根长和平均根长的关联性极显著(P<0.01),Sp30位点与其叶状体的长度和宽度的关联性显著,Sp25位点与其叶状体宽度的关联性也显著。Sp10、Sp14、Sp16、Sp42、Sp47、Sp52和Sp53位点与兰氏萍单株叶状体数和单叶状体根数的关联性极显著,Sp10、Sp14、Sp42、Sp47、Sp51、Sp52和Sp53位点与其叶状体的长度和宽度的关联性显著或极显著,Sp16、Sp51及Sp53位点与其单叶状体的总根长和平均根长的关联性极显著。Sp47和Sp53位点BD基因型紫萍的根明显偏多且偏长,Sp51和Sp53位点AD基因型兰氏萍的根明显偏长;并且,Sp25位点CE基因型紫萍的叶状体最多且最大,其根也最多且最长。研究结果显示:供试的微卫星标记具有属间标记通用性,可用于紫萍和兰氏萍基因型分析;Sp25、Sp30、Sp47和Sp53位点与紫萍根的长度和数量密切相关,而Sp10、Sp14、Sp16、Sp42、Sp47、Sp51、Sp52和Sp53位点与兰氏萍叶状体的数量和大小以及根的数量密切相关。 | 张文珺 徐娜娜 李霞芳 王梦薇 胡芳露 可建伟 翁益松 | 2019 | 植物资源与环境学报2019，28，2： | 0 |
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