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1基于MaxEnt模型荔枝在中国的潜在种植区预测显示文摘荔枝是典型亚热带常绿果树,其果实被称为'水果之王',在国内外水果市场上占有重要的地位。分析荔枝在中国的潜在种植区,为荔枝扩大生产提供科学依据。基于132个分布点和22个环境变量,利用MaxEnt模型模拟荔枝在中国的潜在地理分布并检测其主要影响因子及其阈值。结果表明:MaxEnt模型预测荔枝潜在生境分布的精度高。对预测结果贡献较大的环境因子是最干季度降雨量、全年平均温度、最冷月份最低温、温度季节性变化和最暖季度平均温度,其适宜的取值区间分别为60~110 mm、21℃~24℃、7.5℃~14℃、31℃~37℃和28℃~30℃。适宜分布区域主要在四川的东南、重庆的西南、广西的中南部、广东和福建的沿海地区、海南的北部、台湾的西北部及贵州的西北和西南部分等。中度区域是以上这些高分布值区域的向外扩展。同时,云南中南部分地区、西藏靠近印度边界林芝地区及湖北、湖南、江西及安徽的零星地区也进入该分布值。不同省份适宜区面积由大到小依次为广西>广东>重庆>四川>福建>海南>台湾>云南>贵州;中度适生区依次为云南>广西>四川>广东>贵州>福建>重庆>海南>台湾。以上信息反映出荔枝在我国的潜在地理分布范围,同时,除传统广西、四川、广东、福建、海南、台湾和云南外,贵州和重庆等适生区和中度适生区也是扩大种植区域。李宏群 刘晓莉 汪建华 符勇耀 金冬桂 2020长江流域资源与环境2020,29,2:12
2茶树PPO基因家族的鉴定与分析显示文摘多酚氧化酶(Polyphenol oxidases,PPO)是由核酸编码的一种以氧为受体的含铜金属酶,为一种末端氧化酶,在茶叶加工中也发挥重要的作用。从最新发布的茶树基因组数据库中获得了5条PPO基因:CsPPO1、CsPPO2、CsPPO3、CsPPO4(GenBank登录号为GQ129142.1)、CsPPO5。本研究利用生物信息学方法,对5条基因的核酸序列和氨基酸序列进行分析,并对基因编码蛋白的理化性质和结构功能进行预测。结果表明,5个基因CDS区全长在597~1 839 bp之间,编码氨基酸数目198~612;系统进化树分析显示CsPPO1、CsPPO3、CsPPO4和CsPPO5具有较近的亲缘关系;编码的蛋白均属于亲水性不稳定类脂类结合蛋白,都不具有信号肽;无规则卷曲是蛋白质的主要结构元件,α-螺旋和β-折叠分散于整个多肽链中,CsPPO1、CsPPO2、CsPPO3可能存在一个或多个跨膜螺旋;5个蛋白均含有PPO1_DWL(pfam12142)保守结构域,除了CsPPO2外,其余4个蛋白均预测到TYROSINASE功能结构域。实时定量PCR结果表明,PPOs基因在不同茶树品种间呈现出不同的表达模式。曾泽媛 罗勇 郑楚楚 李娟 李勤 林海燕 王坤波 2018茶叶科学2018,38,4:4
3荔枝FKBP16-2基因启动子的克隆与瞬时表达分析显示文摘前期研究中发现了一个果肉低表达而叶片中高表达的荔枝基因FKBP16-2。本文克隆了该基因1 578 bp的启动子片段并对其功能进行了初步分析,结果表明:荔枝FKBP16-2基因启动子序列中含有大量的TATA-box和CAAT-box保守元件,以及TCA-element,ARE,HSE,GCN4_motif,O2-site等各种转录调控相关的顺式作用元件。该启动子能驱动GUS基因在荔枝的花、叶、根、果皮以及种子中表达而在果肉中不表达,表达具有组织特异性。孙琴 孙进华 王树军 李焕苓 王家保 2016热带作物学报2016,37,4:3
4马铃薯多酚氧化酶新成员StuPPO9基因的分离鉴定及其过表达烟草遗传转化显示文摘多酚氧化酶是普遍存在于植物、动物、细菌及真菌中的一类由核基因编码的具有氧化酚类底物成醌类作用的金属铜蛋白酶,也是褐变过程中的关键酶类。本研究通过对马铃薯基因组数据库检索,发现马铃薯多酚氧化酶包含StuPPO1到StuPPO9中9个基因成员,其中StuPPO5-9为预测基因。同时StuPPO9是生物和非生物因素诱导表达的基因,然而其序列和功能未被验证。本试验以“大西洋”马铃薯叶片为试材,分别提取总RNA和gDNA,对该基因进行分离鉴定,同时对其进行过表达载体构建和转基因烟草转化,为后续基因功能验证提供技术支持。试验结果表明,StuPPO9基因大小为1884 bp,与XM_006347021一致性为98.4%,该基因含有一个内含子结构,与其他成员不同,它位于2号染色体上。该基因启动子可能被生物和非生物因素诱导激活。利用农杆菌介导的基因过表达技术,将该基因转入烟草中,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测获得了阳性株系。张金辉 池明 Yu Xiang 王远宏 李二峰 刘慧芹 马睿 2020食品研究与开发2020,41,2:2
5荔枝GRX基因启动子的克隆与瞬时表达分析显示文摘为了研究荔枝GRX基因的调控机理,本研究利用PCR的方法克隆了该基因上游1 996 bp的启动子片段并对其功能进行了初步分析,结果表明:荔枝GRX基因启动子序列中含有大量的TATA-box和CAAT-box保守元件,以及ARE、HSE、MBS、TC-rich repeats、TGA-element等各种转录调控相关的顺式作用元件。基因枪表达分析表明,该启动子能驱动GUS基因在荔枝的花、叶、根、果皮以及果核中表达而在果肉中不表达,具有组织特异性。为进一步研究荔枝GRX基因的表达模式和调控机理提供了基础与依据。王树军 孙琴 孙进华 张蕾 王家保 2018分子植物育种2018,16,8:1
6铁皮石斛AP3-3基因及启动子的克隆与分析显示文摘【目的】AP3-3属于MADS-box基因家族B类基因,参与兰科植物花被和唇瓣的形成,克隆该基因并进行启动子分析可以进一步研究该基因的生物学功能及其启动子调控作用机制。【方法】使用RT-PCR和常规PCR技术克隆铁皮石斛DoAP3-3基因及其启动子序列,进行生物信息学分析,构建启动子缺失片段与GUS基因融合表达载体,农杆菌介导转化铁皮石斛原球茎,进行瞬时表达。【结果】DoAP3-3基因cDNA长度为675 bp,编码蛋白质的分子式为C_(1129)H_(1803)N_(333)O_(347)S_(12),分子量25.98 kDa,pI为8.71,不稳定性指数40.14,GRAVY为-0.823,不存在跨膜区域,亚细胞定位预测得分为细胞核87.0%、线粒体8.7%、细胞质4.3%。启动子片段长度1885 bp,顺式作用元件含有大量的光响应元件等;3个启动子片段均可驱动GUS基因表达,表达强度为-1885~0 bp>-1604~0 bp>-750~0 bp。【结论】DoAP3-3蛋白具有碱性、亲水性和不稳定性,无跨膜结构域,亚细胞定位于细胞核中。DoAP3-3启动子可能受光照、植物激素、MYB转录蛋白等多个因素调控,具备启动活性,且随启动子缺失长度减少呈现增加趋势。王义琴 孙博 何玲 师凯辉 黄鑫 王冬梅 陈宇 臧睿 和凤美 2022福建农业学报2022,37,5:0
7小叶杨TMM基因启动子克隆及表达模式分析显示文摘气孔作为植物与外界进行气体交换的通道,对植物自身的生长发育至关重要。研究表明植物TMM蛋白与植物气孔的形成发育密切相关。本研究利用PCR技术克隆了小叶杨(Populus simonii Carr.)TMM基因5’端上游的调控序列pPsTMM,长度为2336 bp。生物信息学分析结果表明:小叶杨启动子pPsTMM除了含有TATA-box、CAAT-box等核心启动子元件之外,还含有多种光响应元件、植物激素响应元件、抗逆胁迫相关元件以及生理代谢和生长发育相关元件等,说明转录活性还可能受到光、植物激素、逆境胁迫等因素诱导。利用双酶切法构建植物表达载体pBI121-pPsTMM-GUS,叶盘法稳定遗传转化烟草,GUS化学组织染色显示GUS主要集中在叶芽起始发育部位表达,说明pPsTMM启动活性具有组织特异性。对非生物胁迫的转基因烟草进行GUS化学染色以及进行荧光定量PCR,结果显示pPsTMM对不同因素的非生物胁迫响应程度存在差异性,干旱和盐胁迫下启动活性很低,高温和低温对其调控作用也不明显,但对外在施加的植物激素(GA,NAA,ABA)和水杨酸(SA)响应程度很高,说明pPsTMM启动子对物理因素的响应值要远低于化学因素的诱导。本研究为进一步阐明TMM蛋白表达模式与小叶杨气孔发育特性及抗旱性之间的分子机制提供理论基础。乐丽娜 滕青云 宋冰倩 匡华琳 陈英 2020分子植物育种2020,18,1:0
8农杆菌注射法瞬时转化荔枝果实组织的研究显示文摘为了寻找一种高效的荔枝果实瞬时基因表达方法,本研究以荔枝品种‘新球蜜荔’(LitchichinensisSonn.var.‘Xinqiumili’)为试材,利用农杆菌注射法对荔枝果实组织进行转化,研究了果实发育时期、菌株种类、注射部位、取样时间、菌液浓度等对转化效率的影响。结果表明:选择果肉已完全包裹种子的Ⅱb期果实进行连体注射,在果柄、果皮、种子、果肉分别注入OD600值为2.4的农杆菌菌株GV3101,4d后取样进行检测,4个组织的GUS染色率较高。本研究成功建立了适用于荔枝果实的基因瞬时表达系统,为今后快速鉴定荔枝果实相关基因功能提供了基础。王树军 王果 李焕苓 孙进华 李芳 王家保 2019热带作物学报2019,40,12:0
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